指导AERI研究使命和战略方向的治理与领导架构。
AERI设有董事会、学术委员会、经济发展委员会、国际合作委员会、评审认证中心和公共关系部。
董事会是研究院的决策机构，对相关运营事务提供指导。设董事长一名、秘书长一名。董事会成员来自各国政府代表、合作机构代表、知名社会人士和企业家。每届任期三年，成员总数不超过二十人。
学术委员会是研究院的学术咨询机构，负责审议重大学术活动和科研选题。由相关领域的国际专家和学者组成，涵盖政府部门专家、国内外知名学者、企业家和国际组织专家。设首席专家一至二名，委员若干名（不超过四十名），每届任期三年。
院长行使以下职权：
副院长和院长助理协助院长开展日常工作，组织实施工作计划，提出年度工作报告和工作计划。也可提名工作人员的聘任或解聘。
研究院重大科研成果的发布须经专家委员会三分之二以上成员同意。
经验丰富的专业人士引领AERI在亚洲的研究与合作。
陈超现任亚洲经济研究院副院长。他曾多次率代表团赴东盟国家，特别是马来西亚，推进研究院的区域研究与合作项目。2026年4月，他率团赴砂拉越，主持设立AERI砂拉越研究分所——这是研究院向东盟地区战略拓展的重要举措。
拿督卢顺耀是马来西亚华人商界的杰出人物，现任研究院顾问。他在促进AERI与砂拉越州政府及商界领袖的对接中发挥了关键作用，推动智慧城市建设、医疗投资和跨境贸易便利化等领域的合作。
刘洪利现任助理院长，负责对外关系和公共传播工作。他代表AERI出席了2026年5月"马来西亚文旅融合与节庆经济发展专项研究报告"发布会。
王睿晗现任经济贸易委员会副主委，专注于马来西亚市场研究，特别是美里地区的餐饮行业和新兴投资机遇。